Rasmol II - Note PDF Stampa E-mail

(1)Si veda anche all'indirizzo: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/seleccmd.htm

(2)Il manuale per la versione 2.6 è disponibile all'indirizzo: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/distrib/rasman.htm

(3)La "tavolozza" di rasmol è costituita dai colori: blue, black, cyan, green, greenblue, magenta, orange, purple, red, redorange, violet, white.

(4)Si ricordano i codici degli aminoacidi: gly (glicina) G, idrofobi: ala (alanina) A, val (valina) V, ile (isoleucina) I, leu (leucina) L, phe (fenilalanina) F, pro (prolina) P, met (metionina) M, carichi e polari: asp (acido aspartico) D, glu (acido glutamico) E, lys (lisina) K, arg (arginina) R, ser (serina) S, thr (treonina) T, tyr (tirosina) Y, his (istidina) H, cys (cisteina) C, asn (asparagina) N, gln (glutamina) Q, trp (triptofano) W. I codici per le basi azotate sono: a (adenina), t (timina), c (citosina), g (guanina), u (uracile)

(5)Per maggiori informazioni sugli script si veda agli indirizzi: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/pedagogy,htm , http://www.umass.edu/microbio/rasmol/makescrp.htm , è sempre l'immenso sito di Martz, come costruire script e suugerimenti per l'utilizzazione in classe. Anche http://bio.chem.niu.edu/Chem472/rasmol.htm , di Gary Baker, della Northern Illinois University, contiene un semplice tutorial per la costruzione di script.

(6)Vedi http://www.umass.edu/microbio/chime/prsswc/prssft.htm , discussione dettagliata sugli script ed il documento master ed anche http://www.umass.edu/microbio/rasmol/scrp_mz.htm , da questa pagina è possibile scaricare, gratuitamente, una serie di "presentazioni" già confezionate. Si tratta di file compressi autoestraenti, si consiglia di salvarli separatamente, in cartelle diverse. Cliccando sull'icona verranno estratti, automaticamente, tutti i file relativi a quella presentazione, seguire, quindi, le istruzioni!

(7)Un potente visore, messo a punto da Jane e David Richardson, della Duke University, nel 1992. Consiglio caldamente di utilizzarlo, per ulteriori informazioni vedi all'indirizzo http://kinemage.biochem.duke.edu/ , da qui è possibile scaricare, gratuitamente, il programma (scaricare pure il programma Prekin! Converte i file .pdb in file .kin) ed accedere alla grande banca di strutture in formato kinemage.

(8)Chi fosse interessato, può partire dagli indirizzi http://www.umass.edu/microbio/chime/prsswc/template.htm , sull'utilizzazione degli script con Chime, http://www.umass.edu/microbio/chime/chimehow/chime_1.htm su come preparare pagine web con Chime.